Les succès de la « phagothérapie » renforcent la lutte contre les infections résistantes aux médicaments

Deux patients américains se sont remis d’infections réfractaires après avoir été traités avec une thérapie pionnière impliquant des virus tueurs de bactéries génétiquement modifiés.

Ces cas laissent espérer que la soi-disant phagothérapie pourrait être utilisée plus largement pour lutter contre la crise mondiale des infections résistantes aux médicaments. L’un des patients, Jarrod Johnson, un homme de 26 ans atteint de mucoviscidose, était sur le point de mourir après avoir souffert d’une infection pulmonaire chronique qui a résisté au traitement par antibiotiques pendant six ans. Après avoir reçu la phagothérapie, son infection a disparu, ce qui lui a permis de recevoir une greffe de poumon et de reprendre une vie active.

“Je suis tellement reconnaissant pour l’effort, la persévérance et la créativité de toutes les personnes qui ont participé à mon traitement”, a déclaré Johnson, qui vit à Denver. “Je pensais que j’allais mourir. Ils m’ont littéralement sauvé la vie.

L’autre patient, un homme de 56 ans souffrant d’arthrite sévère, a montré une guérison remarquable d’une infection cutanée qui s’emparait de son corps et qui s’était avérée incurable avec des médicaments conventionnels. L’équipe, qui a également développé le traitement révolutionnaire d’un adolescent britannique il y a quatre ans , affirme que ces derniers cas ouvriront la voie à un essai clinique de phagothérapie, qui pourrait être lancé dès l’année prochaine.

“Ces deux rapports fournissent vraiment un encouragement substantiel aux traitements par phages pour les patients chez lesquels les antibiotiques non seulement ne parviennent pas à contrôler les infections, mais contribuent également à une toxicité substantielle”, a déclaré le professeur Graham Hatfull, dont l’équipe de l’Université de Pittsburgh a développé les thérapies.

Le professeur Martha Clokie, microbiologiste à l’Université de Leicester qui n’a pas participé aux travaux, a déclaré: «Il y a un sentiment croissant au sein de la communauté clinique… que les phages pourraient faire partie de la solution pour les patients, en particulier avec ceux qui sont vraiment à la moment n’ont pas d’autre option alternative. Le besoin global d’alternatives aux antibiotiques est énorme.

En 2019,on estime que 1,2 million de personnes sont décédées dans le monde en tant que cause directe d’infections résistantes aux antimicrobiens et chez environ 5 millions de personnes, une infection multirésistante aux médicaments a contribué à leur décès.

Les bactériophages, ou phages en abrégé, sont des virus inoffensifs qui sont les ennemis naturels des bactéries. Hatfull a passé près de quatre décennies à amasser une collection de phages, stockés dans 20 000 flacons congelés dans son laboratoire. “Nous avons une grande collection de phages et nous avons séquencé plus de 4 000 de leurs génomes, nous comprenons donc leurs profils génomiques et leurs relations avec des détails exquis”, a-t-il déclaré. 

Depuis le cas britannique de 2019, l’équipe a été inondée de demandes de médecins qui n’avaient plus d’options de traitement pour les patients. “C’est alors que les vannes se sont ouvertes”, a déclaré le Dr Rebekah Dedrick, associée de recherche au laboratoire de Hatfull. “Nous avons commencé à recevoir des demandes du monde entier, et nous en recevons toujours.”

L’un d’eux était le Dr Jerry Nick, directeur du programme de fibrose kystique chez l’adulte au National Jewish Health à Denver .

Son patient, Jarrod, souffre de fibrose kystique, une maladie génétique qui entraîne de fréquentes infections obstruant les poumons avec du mucus. En 2020, ses poumons avaient moins d’un tiers de leur fonction normale et il était en proie à une souche bactérienne tenace depuis six ans. Il a été rejeté pour une greffe de poumon en raison du risque élevé de propagation de l’infection une fois sous traitement immunosuppresseur. “L’année précédant l’opération, il a été hospitalisé 11 fois et pendant 200 jours au total”, a déclaré Nick. “Il approchait de la mort et il lui restait probablement un an.”

En 2016, Nick et ses collègues avaient envoyé des échantillons de Mycobacterium abscessus des poumons de Johnson au laboratoire de Hatfull dans l’espoir de trouver un phage qui pourrait l’éliminer. Mais les phages ne sont souvent spécifiques que de quelques types de bactéries. Hatfull et son équipe ont donc examiné des dizaines de candidats avant d’en identifier deux qui tuaient efficacement les bactéries. Ils ont ensuite modifié génétiquement les phages pour augmenter leur efficacité. 

Johnson a été traité avec une combinaison de phages et d’antibiotiques pendant un peu plus d’un an, nécessitant deux injections intraveineuses quotidiennes, qui ont éliminé l’infection, lui permettant d’avoir une greffe de poumon. Son corps a développé des anticorps contre les phages, mais cela s’est produit assez lentement pour que les phages soient capables de se débarrasser des bactéries, plus rapidement que les anticorps n’ont tué le phage.

Depuis le traitement, Johnson a terminé ses études secondaires, travaille, a rencontré une petite amie et bien qu’il ait eu quelques complications à la suite de la greffe, dans l’ensemble, Nick dit qu’il va bien.

Le deuxième patient, l’homme de 56 ans souffrant d’arthrite, a développé une infection cutanée grave, qui est un risque chez les personnes sous médicaments immunosuppresseurs. Il a été traité avec un seul phage, appelé Muddy, qui avait été découvert dans un échantillon prélevé sous une aubergine décomposée. Après quelques semaines, ses lésions cutanées ont disparu et après deux mois, il a été testé négatif pour la bactérie lors d’une biopsie. Il a été traité pendant plus de huit mois au total.

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Source : theguardian.com