Les bactéries responsables de la fièvre typhoïde développent fortement une résistance aux antibiotiques
Les bactéries responsables de la fièvre typhoïde deviennent de plus en plus résistantes à certains des antibiotiques les plus importants pour la santé humaine, selon une étude publiée dans la revue The Lancet Microbe . La plus grande analyse du génome de Salmonella enterica sérovar Typhi (S. Typhi) révèle également que des souches résistantes – presque toutes originaires d’Asie du Sud – se sont propagées à d’autres pays près de 200 fois depuis 1990.
La fièvre typhoïde est un problème de santé publique mondial, causant 11 millions d’infections et plus de 100 000 décès par an. Bien qu’elle soit la plus répandue en Asie du Sud – qui représente 70 % de la charge mondiale de morbidité – elle a également des impacts significatifs en Afrique subsaharienne, en Asie du Sud-Est et en Océanie, soulignant la nécessité d’une réponse mondiale.
Les antibiotiques peuvent être utilisés pour traiter avec succès les infections par la fièvre typhoïde, mais leur efficacité est menacée par l’émergence de souches résistantes de S. Typhi. L’analyse de l’augmentation et de la propagation de S. Typhi résistant a jusqu’à présent été limitée, la plupart des études étant basées sur de petits échantillons.
Les auteurs de la nouvelle étude ont effectué un séquençage du génome entier sur 3 489 isolats de S. Typhi obtenus à partir d’échantillons de sang prélevés entre 2014 et 2019 auprès de personnes au Bangladesh, en Inde, au Népal et au Pakistan avec des cas confirmés de fièvre typhoïde. Une collection de 4 169 échantillons de S. Typhi isolés dans plus de 70 pays entre 1905 et 2018 a également été séquencée et incluse dans l’analyse.
Les gènes conférant la résistance dans les 7 658 génomes séquencés ont été identifiés à l’aide de bases de données génétiques. Les souches ont été classées comme multirésistantes (MDR) si elles contenaient des gènes donnant une résistance aux antibiotiques classiques de première ligne, l’ampicilline, le chloramphénicol et le triméthoprime/sulfaméthoxazole. Les auteurs ont également retracé la présence de gènes conférant une résistance aux macrolides et aux quinolones, qui comptent parmi les antibiotiques les plus importants pour la santé humaine.
L’analyse montre que les souches résistantes de S. Typhi se sont propagées entre les pays au moins 197 fois depuis 1990. Bien que ces souches se produisent le plus souvent en Asie du Sud et de l’Asie du Sud à l’Asie du Sud-Est, en Afrique orientale et australe, elles ont également été signalées au Royaume-Uni, États-Unis et Canada.
Depuis 2000, MDR S. Typhi a diminué régulièrement au Bangladesh et en Inde, et est resté faible au Népal (moins de 5% des souches typhoïdes), bien qu’il ait légèrement augmenté au Pakistan. Cependant, ceux-ci sont remplacés par des souches résistantes à d’autres antibiotiques.
Par exemple, des mutations génétiques donnant une résistance aux quinolones sont apparues et se sont propagées au moins 94 fois depuis 1990, la quasi-totalité d’entre elles (97 %) provenant d’Asie du Sud. Les souches résistantes aux quinolones représentaient plus de 85 % de S. Typhi au Bangladesh au début des années 2000, passant à plus de 95 % en Inde, au Pakistan et au Népal en 2010.
Des mutations provoquant une résistance à l’azithromycine – un antibiotique macrolide largement utilisé – sont apparues au moins sept fois au cours des 20 dernières années. Au Bangladesh, des souches contenant ces mutations sont apparues vers 2013, et depuis lors, la taille de leur population n’a cessé d’augmenter. Les résultats s’ajoutent aux preuves récentes de l’augmentation et de la propagation rapides des souches de S. Typhi résistantes aux céphalosporines de troisième génération, une autre classe d’antibiotiques d’une importance cruciale pour la santé humaine.
Les auteurs reconnaissent certaines limites à leur étude. Il reste une sous-représentation des séquences de S. Typhi de plusieurs régions, en particulier de nombreux pays d’Afrique subsaharienne et d’Océanie, où la typhoïde est endémique. Plus de séquences de ces régions sont nécessaires pour améliorer la compréhension du moment et des schémas de propagation.
Même dans les pays disposant d’un meilleur échantillonnage, la plupart des isolats proviennent d’un petit nombre de sites de surveillance et peuvent ne pas être représentatifs de la distribution des souches en circulation. Comme les génomes de S. Typhi ne couvrent qu’une fraction de tous les cas de fièvre typhoïde, les estimations des mutations responsables de la résistance et de la propagation internationale sont probablement sous-estimées. Ces sous-estimations potentielles mettent en évidence la nécessité d’étendre la surveillance génomique pour fournir une fenêtre plus complète sur l’émergence, l’expansion et la propagation d’organismes résistants aux antibiotiques.
Source : news-medical.net
