Les tests rapides sont-ils moins efficaces pour détecter Omicron – et est-ce important ?
Des rapports anecdotiques et les résultats de petites études sur la précision des diagnostics ont soulevé des questions sur l’utilisation des appareils avec la nouvelle variante, mais les chercheurs affirment que davantage de données sont nécessaires et soulignent l’importance continue des tests de dépistage du SRAS-CoV-2.
Une à peine sept semaines après que l’Organisation mondiale de la santé a déclaré qu’Omicron était une variante préoccupante du SRAS-CoV-2,cette nouvelle forme de virus a entraîné une augmentation exponentielle du nombre de cas dans le monde. Se propageant à son rythme actuel, la variante aura infecté plus de la moitié de la population d’Europe et d’Asie centrale dans les six à huit prochaines semaines , a prédit l’OMS mardi 11 janvier ; selon les Centers for Disease Control and Prevention , Omicron représente désormais plus de 95 % des centaines de milliers de nouveaux cas signalés chaque jour aux États-Unis.
Alors que les scientifiques se précipitent pour comprendre cette nouvelle variante et comment les mutations de son génome peuvent contribuer à sa transmissibilité et à sa pathogénicité, des questions se sont posées concernant les tests qui jouent désormais un rôle essentiel dans l’identification des infections.
Les tests antigéniques rapides, également appelés tests de flux latéral, détectent les protéines virales du SRAS-CoV-2 dans le mucus du nez ou de la gorge d’une personne. Rapides et simples à réaliser, les tests ont été largement utilisés non seulement pour surveiller les taux d’infection à l’échelle de la population, mais pour aider les gens à prendre des décisions quant à savoir s’ils doivent voyager dans les transports en commun, aller au travail, se réunir avec leurs amis et leur famille ou envoyer leur enfant à l’école. En reconnaissance de leur valeur, l’administration du président américain Joe Biden s’est engagée à expédier jusqu’à un milliard de kits de test à domicile gratuits aux ménages du pays et a annoncé que les assureurs privés seraient tenus de rembourser les personnes pour les tests.
Pourtant, les rapports des deux dernières semaines ont suscité une conversation entre scientifiques et experts en santé publique sur la question de savoir si les formes actuellement disponibles de ces tests sont tout aussi efficaces pour détecter les cas d’Omicron qu’elles l’ont été pour détecter les variantes précédentes – et donc s’il devrait être des modifications à la façon dont ils sont utilisés ou interprétés.
Une petite étude menée par des chercheurs aux États-Unis ce mois-ci, par exemple, a rapporté que deux tests antigéniques rapides largement utilisés (Abbott BinaxNOW et Quidel QuickVue) semblaient accuser un retard de plusieurs jours dans la détection des cas d’Omicron, de nombreuses personnes infectées continuant à être testées négatives. malgré l’obtention de résultats positifs de tests PCR plus précis mais plus lents d’échantillons de salive ; certains des participants ont involontairement transmis le virus à d’autres personnes entre des tests négatifs aux tests antigéniques rapides. Écrivant dans leur article, qui a été publié sous forme de préimpression sur medRxiv le 5 janvier et a été largement couvert dans les médias , les auteurs de l’étude ont émis l’hypothèse que les tests rapides sont susceptibles d’être moins efficaces pour le dépistage d’Omicron sur le lieu de travail qu’ils ne l’ont été pour d’autres variantes.
Une étude antérieure, publiée sous forme de préimpression par des chercheurs en Suisse, a comparé les performances de sept tests antigéniques rapides du SRAS-CoV-2 sur des virus en culture, plutôt que sur des échantillons fournis par des personnes. Les auteurs de cet article ont conclu que les diagnostics pourraient être intrinsèquement moins sensibles à Omicron. La Food and Drug Administration (FDA) des États-Unis a ensuite inclus l’idée dans l’une de ses mises à jour d’Omicron, notant fin décembre que “les premières données suggèrent que les tests antigéniques détectent la variante omicron mais peuvent avoir une sensibilité réduite”
D’autres groupes ont tiré des conclusions légèrement différentes; une équipe qui a publié les résultats sous forme de préimpression medRxiv lundi 10 janvier a déterminé que si les tests rapides qu’elle a examinés étaient moins sensibles que les tests PCR lors de la détection d’Omicron, ils ont identifié 95% des personnes présentant des niveaux élevés de virus, et plus quand ne prenant en compte que les personnes présentant des symptômes.
Les résultats, qui concernent spécifiquement Abbott BinaxNOW, sont conformes à ce qui a été rapporté pour les tests d’autres variantes et indiquent qu ‘”il ne semble pas y avoir de déficit de performance avec Omicron”, co-auteur de l’étude Joseph DeRisi de l’Université de Californie , San Francisco, et le Chan Zuckerberg Biohub raconte Le New York Times .
Plusieurs organisations nationales ont maintenant annoncé leurs propres plans d’enquête. Dimanche 9 janvier, par exemple, le ministre allemand de la santé, le médecin Karl Lauterbach, a déclaré à la chaîne de diffusion locale ARD que l’une des agences de santé du gouvernement procédait à une évaluation des performances de divers tests et recommanderait ceux qui détectent le plus précisément Infections à l’Omicron. “Nous ne savons pas exactement dans quelle mesure ces tests fonctionnent pour Omicron”, a-t-il déclaré, selon Reuters , tout en soulignant que les tests COVID-19 étaient toujours importants.
L’Agence britannique de sécurité sanitaire, qui a provisoirement conclu que les dispositifs à flux latéral actuellement utilisés par le National Health Service présentent une sensibilité comparable à Omicron par rapport à d’autres variantes, continue également de surveiller leurs performances.
Pour l’instant, on ne sait pas si les tests antigéniques rapides sont vraiment moins efficaces pour détecter les cas d’Omicron, ou ce qui pourrait causer une telle différence, disent les chercheurs qui ont parlé avec The Scientist . Mais s’il s’agit d’un sujet important à étudier du point de vue d’une meilleure compréhension d’Omicron, toute différence de précision est susceptible d’être minime et ne représente pas une cause de préoccupation pour la santé publique, à condition que les gens continuent à utiliser les appareils de manière raisonnable, explique Al Edwards, qui recherche et développe des tests cliniques et microbiologiques à l’école de pharmacie de l’Université de Reading.
“Si vous les utilisez en sachant qu’ils ne sont pas parfaits”, comme tout test de diagnostic, dit Edwards, “alors s’ils sont légèrement moins parfaits ou plus parfaits, ce n’est pas un gros problème.”
Pourquoi un test pourrait-il être moins performant pour Omicron ?
Malgré le caractère préliminaire des données, les scientifiques et les experts en santé publique ont présenté un certain nombre d’hypothèses pour expliquer pourquoi certains tests antigéniques rapides pourraient sembler légèrement moins performants pour cette variante.
Une possibilité, soulignée par la FDA, est que les appareils soient moins sensibles à cette forme particulière de SARS-CoV-2. Cela pourrait se produire si les anticorps contenus dans un test rapide se lient moins bien à un antigène viral particulier dans l’échantillon, peut-être en raison d’un changement dans la structure de cet antigène. La société britannique Avacta a récemment cité cette sensibilité réduite comme la raison pour laquelle elle suspendait les ventes de son propre test antigénique rapide, après que des tests de laboratoire internes ont montré que l’appareil avait identifié moins de cas d’Omicron que d’infections avec d’autres variantes dans des échantillons cliniques où les niveaux de le virus était faible, a rapporté Reuters cette semaine.
Edwards dit que même si certains tests peuvent être moins sensibles à des variantes particulières pour cette raison, il est peu probable que ce soit un problème à tous les niveaux. « Il est possible qu’un produit cesse de fonctionner avec une variante », dit-il. “Mais la plupart des produits utiliseront différents anticorps pour détecter le virus, de sorte que vous ne vous attendriez jamais à ce que tous les tests de flux latéral échouent simultanément.” Certains chercheurs , ainsi que le testeur Abbott , ont également noté que si Omicron contient des mutations génétiques par rapport à ses prédécesseurs, bon nombre de ces mutations se trouvent dans ce que l’on appelle la protéine de pointe (S), et non dans la protéine de la nucléocapside (N) ciblée. par de nombreux tests antigéniques rapides.
Une raison distincte pour laquelle les tests pourraient sembler moins sensibles à Omicron qu’aux autres variantes est que la quantité de virus entrant dans un échantillon est systématiquement inférieure à la normale – dans ce cas, moins d’échantillons de personnes infectées par Omicron contiendraient suffisamment d’antigène viral pour atteindre le seuil de détection de l’appareil.
Cela pourrait arriver, par exemple, si Omicron se réplique dans différentes parties du corps à partir de variantes précédentes, et donc “peut-être que les gens ne prélèvent pas au bon endroit pour pouvoir détecter le virus”, explique l’immunologiste Gigi Kwik Gronvall, un senior chercheur au Johns Hopkins Center for Health Security et professeur associé à la Johns Hopkins Bloomberg School of Public Health. Selon cette hypothèse, quelqu’un pourrait être “capable d’obtenir plus de virus à partir d’une salive ou d’un prélèvement de gorge” qu’un prélèvement nasal.
ont appuyé cette idée. Certains chercheurs ont interprété l’étude américaine de ce mois-ci comparant les tests antigéniques rapides et les tests salivaires PCR comme suggérant que le prélèvement de la gorge détecte plus de cas, par exemple. Une préimpression distincte de chercheurs d’Afrique du Sud a révélé que les tests PCR détectaient mieux les cas positifs dans les prélèvements de gorge qu’ils ne l’étaient avec les prélèvements nasaux. Mais Edwards prévient que ces types de comparaisons sont difficiles à réaliser et qu’il attend plus de données avant de tirer des conclusions quant à savoir si l’emplacement de l’écouvillonnage est susceptible de contribuer à des différences substantielles dans les performances des tests pour Omicron.
Une autre possibilité, note Gronvall, concerne la capacité apparente d’Omicron à se répliquer beaucoup plus rapidement, au moins dans certains tissus, que les variantes précédentes, ce qui signifie qu’un résultat négatif est informatif pendant moins de temps. En d’autres termes, “les gens passent d’être sous le seuil de détection pour le test à être positif beaucoup plus rapidement que pour Delta”, dit-elle. Cela pourrait expliquer certaines études rapportant “que les gens transmettaient avant d’être testés positifs”.
Les scientifiques qui étudient la biologie de la propagation d’Omicron ont également discuté de la question de savoir si les rapports d’efficacité réduite des tests pourraient en fait être liés à des différences sous-jacentes dans la façon dont Omicron infectieux est comparé aux versions précédentes du SRAS-CoV-2. Une variante infectieuse à des doses plus faibles, par exemple, pourrait être associée à un taux de faux négatifs plus élevé chez les personnes contagieuses.
Les études moléculaires et virologiques portant sur la transmission d’Omicron en sont encore à un stade précoce, mais un certain nombre de prépublications publiées au cours des dernières semaines suggèrent qu’il pourrait y avoir des différences pertinentes dans la manière et l’endroit où Omicron infecte les tissus humains. Par exemple, Ravindra Gupta, professeur de microbiologie clinique à l’Université de Cambridge, et ses collègues ont découvert qu’Omicron semble s’être éloigné de l’infection des cellules ciblées par les versions précédentes du SRAS-CoV-2, celles avec à la fois l’ACE2 et le TMPRSS2. protéines à leur surface. Alors qu’Omicron nécessite toujours ACE2, il est maintenant bien meilleur pour pénétrer dans les cellules qui ont peu ou pas de TMPRSS2.
Ce changement, que l’équipe a rapporté dans une préimpression il y a quelques semaines, pourrait expliquer les observations selon lesquelles Omicron a tendance à se trouver en plus grande quantité dans les voies respiratoires supérieures, telles que le nez et la gorge, plutôt que profondément dans les poumons, un mouvement qui peut rendent également le virus plus transmissible en augmentant la quantité libérée lorsque quelqu’un parle ou tousse, note Gupta. Il ajoute que certaines données préliminaires suggèrent également qu’Omicron a une affinité de liaison accrue pour la protéine ACE2 (bien que cette découverte ne soit pas cohérente dans tous les groupes de recherche ), ce qui pourrait conférer une infectiosité plus élevée et peut signifier qu’une plus petite quantité de virus est nécessaire pour infecter une autre personne.
Le virologue moléculaire Joe Grove du Centre de recherche sur les virus de l’Université MRC de Glasgow et ses collègues ont également étudié en quoi l’infection par Omicron diffère des variantes précédentes au niveau cellulaire. Ils ont rapporté dans une prépublication récente que la dépendance réduite à TMPRSS2 semble être liée à un changement dans le mécanisme d’entrée cellulaire : alors que les versions antérieures de SARS-CoV-2 utilisaient TMPRSS2 pour fusionner avec la membrane cellulaire et injecter leur contenu, Omicron favorise un Voie endocytaire indépendante de TMPRSS2 par laquelle le virus est avalé par la cellule.
Ce changement, qui a également été impliqué par les travaux d’ autres groupes , pourrait faire d’Omicron un virus plus stable et donc potentiellement plus transmissible par rapport aux variantes précédentes, spécule Grove. Pour les virus en général, “la fusion de la surface cellulaire nécessite généralement que le virus ait comme un déclencheur capillaire, de sorte qu’il déclenche la fusion plus facilement”, dit-il. “C’est bon pour entrer dans une cellule, mais pas bon pour la stabilité”, bien qu’il soit trop tôt pour dire si cette tendance générale affecte la propagation du SRAS-CoV-2.
Lorsqu’il s’agit d’expliquer les différences possibles dans les tests d’Omicron, les chercheurs n’ont pas encore dissocié ces hypothèses et d’autres hypothèses, et des facteurs de confusion qui compliquent les comparaisons d’Omicron avec les variantes précédentes, comme le fait que, alors que les variantes précédentes se propagent largement à travers populations sensibles, de nombreuses personnes actuellement infectées par Omicron ont déjà été vaccinées et/ou infectées par une variante précédente.
“Les idées sont nombreuses et les hypothèses potentielles sont nombreuses”, dit Gronvall, “mais la réalité est que nous devons faire ces études pour pouvoir le comprendre.”
Les gens devraient-ils changer leur comportement ?
Même sans une explication claire de ce qui se passe avec les tests Omicron, certains pays ont répondu à des études récentes en recommandant des changements dans la façon dont les gens utilisent les tests antigéniques rapides.
Le ministère israélien de la Santé, par exemple, a conseillé aux gens de se nettoyer le nez et la gorge, rapporte Reuters cette semaine. Plusieurs chercheurs aux États-Unis ont discuté de la même chose comme moyen d’augmenter potentiellement les chances d’un test de détecter suffisamment de virus pour le détecter. (Certains pays, comme le Royaume-Uni, avaient déjà approuvé des appareils conçus pour fonctionner avec des échantillons de gorge et de nez.)
Les chercheurs qui ont parlé à The Scientist disent qu’il y a un manque de preuves que cette pratique est bénéfique. “Je pense que les gros titres ont déjà dépassé ce que nous savons, en ce qui concerne la gorge”, déclare Gronvall, ajoutant que l’utilisation de cette approche sur des tests conçus pour fonctionner uniquement avec des écouvillons nasaux n’est clairement pas une voie approuvée par la FDA. aller. Bien qu'”il serait surprenant que [un test antigénique rapide] ne fonctionne pas” avec un prélèvement combiné de gorge et de nez, dit-elle, d’autres études seront nécessaires pour montrer si cela fait une différence dans les performances du test.
La FDA elle-même a déconseillé cette pratique, déclarant dans un tweet la semaine dernière : « Les tests antigéniques à domicile disponibles aujourd’hui ne sont autorisés qu’à l’aide de prélèvements nasaux. Nous n’avons pas encore de données suggérant que les prélèvements de gorge sont une méthode précise ou appropriée pour les tests à domicile.
Edwards, qui a collaboré avec d’autres chercheurs pour rendre les instructions sur les diagnostics à domicile aussi claires que possible, fait écho à ce point, notant qu’il est déjà assez difficile de s’assurer que les gens suivent les instructions sur ces appareils. Changer la nature d’un test ou ses instructions “sape en quelque sorte la compréhension de quiconque du fonctionnement d’un test”, dit-il, ajoutant que les scientifiques ont souvent du mal à évaluer l’efficacité des diagnostics pour réduire la transmission de la maladie “dans la nature”.
simple pour les gens d’améliorer leur utilisation des kits à domicile, en particulier dans le contexte de la réduction des risques lors d’un événement ou d’un rassemblement de groupe, consiste à utiliser les appareils aussi près que possible de l’événement pour lequel ils sont nécessaires, explique Gronvall. Cela a toujours été une bonne pratique, ajoute-t-elle, mais “s’il s’avère que la raison pour laquelle les tests ne sont pas aussi sensibles est parce que [Omicron] se réplique plus rapidement [et] les gens passent du négatif au positif plus rapidement”, il devient alors particulièrement important de ne pas utiliser un test trop longtemps à l’avance.
Avant tout, les gens devraient se rappeler qu’aucun test n’est parfait, soulignent les chercheurs qui ont parlé avec The Scientist ; un résultat négatif n’est jamais une garantie qu’une personne n’a pas le SRAS-CoV-2 ou qu’elle est incapable d’infecter d’autres personnes. Les cas de COVID-19 varient considérablement d’un individu à l’autre, différentes personnes produisant et propageant différentes quantités de virus à différents moments après l’infection, explique Edwards. Malgré certaines suggestions contraires , soutient-il, “les tests à flux latéral ne sont pas un bon test de contagiosité” au niveau individuel : “Il n’existe aucun test, PCR ou autre, qui puisse prouver que vous n’êtes pas infectieux”.
Gronvall dit qu’elle conseille aux gens “de réfléchir au moment où vous avez été potentiellement exposé – si vous présentez des symptômes mais que vous n’êtes pas encore testé positif, vous l’avez probablement [et] vous devez refaire le test dans quelques jours”. Les gens doivent également se rappeler que les tests doivent être combinés avec la vaccination et d’autres mesures de santé pour aider à empêcher la propagation du COVID-19, ajoute-t-elle.
Edwards convient que les tests ne sont qu’une partie de la lutte contre le COVID-19, affirmant qu’il ne s’inquiète pas des petits changements dans les performances des tests pour différentes variantes. “La seule chose qui m’inquiète, c’est si les gens sont amenés à croire que [les tests antigéniques rapides sont] parfaits alors qu’ils ne le sont pas, ou si les gens croient que parce qu’ils ne sont pas parfaits, ils ne devraient pas s’en soucier”, dit-il. . “Les deux extrêmes sont très nocifs – un extrême de dire ‘Eh bien, j’ai fait mon test, je sais que je suis négatif, je peux aller faire ce que je veux’ et l’autre extrême de dire ‘Eh bien, je suis ne va pas s’embêter avec ces tests parce qu’ils ne sont pas précis.
Source : the-scientist.com
