Dans quels prélèvements biologiques se cache le SARS-CoV-2 ?

Le diagnostic positif du Covid-19 repose sur la détection de l’ARN du SARS-CoV-2 par RT-PCR dans les prélèvements effectués au niveau des voies aériennes supérieures, en règle la région nasopharyngée ou encore oropharyngée.

Cependant, le virus peut être isolé ailleurs et potentiellement transmissible par d’autres voies ou supports que les classiques gouttelettes de Pflügge, produites au cours des éternuements et de la toux et largement incriminées dans l’épidémie de Covid-19. De fait, la biodistribution de tout agent pathogène varie d’une espèce à l’autre ou d’une famille à l’autre dans le cas des coronavirus.

Une étude transversale publiée en ligne dans le JAMA du 11 mars 2020 sous la forme d’une research letter permet de se faire une idée de la présence du SARS-CoV2 dans les différents compartiments ou fluides de l’organisme. Elle a inclus 205 patients (âge moyen 44 ans ; extrêmes, 5-67 ans ; hommes : 68 %) atteints du Covid-19 admis dans trois hôpitaux chinois entre 1 janvier et le 17 février 2020, situés respectivement dans les provinces de Hubei, Shandong et Pékin. Dans la plupart des cas, des prélèvements pharyngés ont été effectués entre le 1er et le 3ème jour après l’admission. D’autres prélèvements ont porté sur le sang, l’expectoration, les fèces et les urines tout au long de l’évolution de la maladie. Une fibroscopie avec lavage broncho-alvéolaire (+/-biopsie) n’a concerné que les patients atteints d’une pneumonie sévère ou encore ceux mis sous ventilation assistée (soit 19 % de la cohorte). En cas de présence de virus dans les selles, quatre échantillons de ces dernières ont été mis en culture en vue d’une étude par microscopie électronique pour déceler des traces du microorganisme vivant.

Excrétion fécale dans 29 % des cas

Au total, 1 070 échantillons biologiques ont été soumis à une recherche de l’ARN viral par RT-PCR. La positivité de cette dernière a varié selon l’origine du prélèvement. Elle s’est avérée maximale dans le liquide de lavage broncho-alvéolaire (14/15 ; 93 %) cependant rarement effectué (environ 7 % des cas), puis, dans l’ordre, dans :

(1) l’expectoration (72/104 ; 72 %) ;

(2) les écouvillonnages nasaux (5/8 ; 63 %) ;

(3) la biopsie bronchique (6/13 ; 46 %) ;

(4) les prélèvements pharyngés (126/398 ; 32 %) ;

(5) les fèces (44/153 ; 29 %) ;

(6) le sang (3/307 ; 1 %).

Aucun échantillon urinaire ne s’est avéré positif.

Cette petite étude transversale chinoise ne porte que sur un peu plus de 200 patients hospitalisés tous atteints d’un Covid-19 confirmé. C’est dans le liquide de lavage broncho-alvéolaire que l’ARN du virus a été le plus souvent retrouvé, plus de neuf fois sur dix, mais cette procédure n’a été utilisée que dans 7 % des cas. Si les échantillons sanguins ne se sont avérés que très rarement positifs (1 %), tel n’a pas été le…

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